Douglas,
Pelo que eu entendi, você tem:
1 ECC com 3 clients diferentes conectado a 1 GRC com 1 client apenas.
Se o SAP NF-e é único, o NFE_IN sempre vai apontar para o mesmo sistema SAP NF-e. E no mais, a conexão NFE_IN, até onde lembro, é usada somente pra validar se o componente SLL-NFE está instalado no servidor destino (Função J_1BNFE_CHECK_NFEIN_ACTIVE).
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